Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur de Britannia lui-même, ne fit rien pour pourchasser les responsables de l'attentat qui coûta la vie de sa mère et qui mutila sa jeune sœur. Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre un groupe de rebelles Eleven et l'armée britannienne, il découvre un secret militaire : une mystérieuse jeune fille. En entrant en contact avec elle, Lelouch obtient le Geass, le pouvoir des Rois, qui se manifeste chez Lelouch par le « pouvoir de l'obéissance absolue », qui lui permet d'imposer sa volonté à toute personne qui croise son regard. Ce pouvoir est cependant limité par le fait qu'il n'est possible de donner qu'un unique ordre à une personne. Grâce à ce pouvoir, Lelouch va pouvoir mener son combat tant voulu contre Britannia afin de réaliser ses deux rêves : venger sa mère et créer un monde où sa sœur pourra vivre en paix.
